Quy trình vận hành cơ bản của máy phay CNC thường bao gồm bật nguồn, quay lại điểm tham chiếu, nhập chương trình, kẹp phôi, cài đặt dao, gia công và tắt nguồn. Phải tuân thủ các quy trình vận hành an toàn trong quá trình vận hành, chẳng hạn như trang phục phù hợp và sử dụng đúng nút dừng khẩn cấp.
Bảng điều khiển hệ thống CNC thường bao gồm màn hình CRT, bảng MDI và bảng điều khiển máy công cụ. Lập trình là một kỹ năng cần thiết để vận hành máy phay CNC, bao gồm cả lập trình thủ công và tự động.
Trên các máy công cụ CNC chẳng hạn như trung tâm gia công, phay leo đã trở thành phương pháp cắt tiêu chuẩn-ngành do tuổi thọ dụng cụ dài hơn và ít tiếng ồn hơn.
Việc lựa chọn thông số cắt phải tuân theo các nguyên tắc nhất định: gia công thô nhằm mục đích đạt tỷ lệ loại bỏ kim loại cao, còn gia công tinh nhằm mục đích đạt chất lượng bề mặt cao. Các thông số chính như tốc độ cắt Vc và tốc độ tiến bàn F có thể được tính bằng các công thức.